O projeto SourceForge OpenRasMol é um adjunto do projeto RasMol e OpenrasMol na http://rasmol.org. Espera-se que o projeto SourceForge OpenRasMol forneça um ponto focal conveniente para contribuições colaborativas ativas. Características rasmol: RasMol é um programa gráfico molecular destinado à visualização de proteínas, ácidos nucleicos e pequenas moléculas. O programa é voltado para exibição, ensino e geração de imagens de qualidade de publicação. O RasMol é executado em ampla gama de arquiteturas e sistemas operacionais, incluindo os sistemas Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX e VMS. As versões UNIX e VMS requerem uma tela X Windows colorida de 8, 24 ou 32 bits (X11R4 ou posterior). A versão X Windows do RasMol fornece suporte opcional para uma caixa de discagem de hardware e comunicação de memória compartilhada acelerada (através das extensões XInput e MIT-SHM) se disponível no X Server atual. O programa lê em um arquivo de coordenadas de moléculas e exibe interativamente a molécula na tela em uma variedade de esquemas de cores e representações de moléculas. As representações disponíveis atualmente incluem wireframes com cobertura de profundidade, varas 'Dreiding', esferas de enchimento espacial (CPK), esferas de esferas, esferas de bola e vara, fitas biomoleculares sólidas e de fios, rótulos de átomos e superfícies de ponto. A versão X Windows do RasMol fornece suporte opcional para uma caixa de discagem de hardware e comunicação de memória compartilhada acelerada (através das extensões XInput e MIT-SHM) se disponível no X Server atual. O programa lê em arquivos de coordenadas moleculares e exibe interativamente a molécula na tela em uma variedade de representações e esquemas de cores. Os formatos de arquivo de entrada suportados incluem o Protein Data Bank (PDB), os formatos Alchemy e Sybyl Mol2 da Tripos Associates, o formato Mol da Molecular Design Limited (MDL), o formato XYZ (XMol) do Minnesota Supercomputer Center (XMol), o formato CHARMm, o formato CIF e os arquivos de formato mmCIF. Se as informações de conectividade não estão contidas no arquivo, isso é calculado automaticamente. A molécula carregada pode ser mostrada como ligações de wireframe, ligações de vara de cilindro 'Dreiding', traço alfa-carbono, esferas de enchimento espacial (CPK), fitas macromoleculares (fitas sólidas lisas ou fios paralelos), ligação de hidrogênio e representações de superfície de ponto. Os átomos também podem ser rotulados com strings de texto arbitrárias. Conformadores alternativos e múltiplos modelos de RMN podem ser especialmente coloridos e identificados em rótulos de átomos. Diferentes partes da molécula podem ser representadas e coloridas independentemente do resto da molécula ou exibidas em várias representações simultaneamente. A molécula exibida pode ser girada, traduzida, ampliada e com z-clipped (laje) usando o mouse, as barras de rolagem, a linha de comando ou uma caixa de discagem anexada. RasMol pode ler uma lista preparada de comandos de um arquivo 'script' (ou via comunicação entre processos) para permitir que uma determinada imagem ou ponto de vista seja restaurado rapidamente. RasMol também pode criar um arquivo de script contendo os comandos necessários para regenerar a imagem atual. Finalmente, a imagem renderizada pode ser escrita em uma variedade de formatos, incluindo raster ou vetor PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile ou como um script de entrada MolScript ou Kinemage. A instalação de ajuda RasMol pode ser acessada digitando "ajuda" ou "ajuda"
história da versão
- Versão RasMol_2.7.5 postado em 2010-12-15
Várias correções e atualizações - Versão RasMol_2.7.5 postado em 2010-12-15
Detalhes do programa
- Categoria: Educação > Outros
- Editor: www.rasmol.org
- Licença: Livre
- Preço: N/A
- Versão: 2.7.5
- Plataforma: linux